Die Freundschaft von Elena und Damon hat sich nach dessen Genesung sehr vertieft. Er versucht, sie von ihrer Sehnsucht nach Stefan abzulenken, was ihm jedoch nicht gelingt. Auch Caroline möchte ihre Freundin trösten, indem sie eine große Party anlässlich ihres Geburtstages ausrichtet, doch Elena kämpft zu sehr mit dem Schmerz und der Ungewissheit, was dazu führt, dass sie die zu ihren Ehren organisierte Feier nicht genießen kann. Währenddessen ziehen Klaus und Stefan durch ganz Nordamerika und hinterlassen in beinahe jeder Großstadt ein Blutbad, wobei Klaus regelmäßig darauf achtet, dass Stefan seine Opfer qualvoll ermordet. Damon findet heraus, wo sich Stefan befindet und versucht zunächst, ihn zur Vernunft zu bringen, was jedoch zur Folge hat, dass Stefan die Gelegenheitsfreundin seines Bruders, Andie, welche sich in der zweiten Staffel in Damon verliebte, durch Gedankenmanipulation dazu bringt, sich selbst zu töten. Damon ist wütend auf seinen Bruder, da auch ihm viel an Andie lag, obwohl er Elena liebt. Er beschließt, den Dingen ihren Lauf zu lassen und will sich nicht länger in die Angelegenheiten seines Bruders mischen. Elena lässt jedoch nicht locker. Sie findet heraus, dass sich Stefan in den Smoky Mountains in Tennessee befindet und überredet Alaric, mit ihr dort hin zu fahren. Dieser weiht jedoch Damon hinter Elenas Rücken in deren Plan ein, woraufhin er Alaric und Elena heimlich folgt. Da sich Elena weigert, ohne Stefan zurück nach Mystic Falls zu fahren, beschließt Damon, sie durch die Smoky Mountains zu begleiten und zu beschützen. Auch Alaric ist an seiner Seite. Man findet heraus, dass Klaus plant, eine Hybridenarmee zu gründen und nach Tennessee reiste, weil sich ein Werwolfsrudel dort befindet. Da er den Doppelgänger aber nicht wie von ihm angenommen getötet hat, gelingt es ihm nicht, die Werwölfe auch in Vampire zu verwandeln. Stattdessen tötet er das gesamte Rudel. Stefan trifft zufälligerweise auf Damon und bittet ihn, sich in Zukunft von ihm fern zu halten. Um Elena weiterhin vor Klaus versteckt zu halten, fährt Damon sie ohne Stefan zurück nach Mystic Falls, was traurig von seinem Bruder beobachtet wird. Im Hause der Salvatores angekommen, bittet Damon Elena, die Abwesenheit Stefans auf sich beruhen zu lassen, da dieser wohl kaum vor ihrem Tod nach Hause zurückkehren wird.

Später verbringt Caroline eine Nacht mit Tyler. Danach versucht sie, sich aus dem Haus der Lockwoods zu schleichen, wird aber von Carol, Tylers Mutter, als Vampir geoutet, indem sie ihre Handtasche mit Eisenkraut einreibt. Carol ruft daraufhin einen unbekannten Mann an, welcher die bewusstlose Caroline mitnimmt, in einem dunklen Raum fesselt und sie schließlich mit Sonnenlicht foltert. Später findet man heraus, dass es sich bei dem Unbekannten um Carolines Vater handelt, welcher versucht, durch Folter das Grundwesen des Vampirs zu verändern. Caroline wird jedoch von Tyler und ihrer Mutter Sheriff Forbes gerettet, nachdem Carol ihnen verriet, wem sie Caroline ausgeliefert hatte. Dies tut sie erst, als sie bei einer von Tylers Verwandlungen in einen Werwolf zusieht und erkennt, dass nicht nur Caroline als Monster gesehen werden dürfte.

Zur gleichen Zeit findet Stefan heraus, dass er Mitte der 20er eine enge Freundschaft zu Klaus und seiner Schwester Rebekah pflegte, welche damals auf der Flucht vor einem für Stefan Unbekannten waren. Rebekah verliebte sich in Stefan, später manipulierte Klaus allerdings seinen Geist, sodass sich Stefan nicht mehr an seine vermeintlichen Freunde erinnern konnte. Später erdolchte Klaus seine Schwester ebenfalls, erweckt sie allerdings wieder zum Leben um von ihr zu erfahren, weshalb die Verwandlung der Werwölfe nicht funktionierte. Man erfährt, dass dies nur eine der ältesten Hexen beantworten kann, wozu sie allerdings eine besondere Kette benötigt. Später findet der Zuschauer heraus, dass es sich bei dieser Kette um Elenas handelt, welche sie von Stefan zu Beginn ihrer Beziehung geschenkt bekam. Klaus sucht eine seiner alten Freundinnen auf, bei welcher es sich um die Hexe Gloria handelt, die ihm helfen soll, den Ort der Kette herauszufinden. Gloria erkennt, dass Stefan weiß, wo sie sich befindet, was sie allerdings vor Klaus verschweigt. Stattdessen foltert sie Stefan mit Eisenkraut und kann durch seine Schwäche in dessen Gedanken dringen. So findet sie heraus, dass es sich bei dem Besitzer der Kette um den noch lebenden Doppelgänger handelt. Bevor sie Klaus jedoch davon berichten kann, wird sie unerwartet von Katherine ermordet. Diese bietet Stefan an, ihm zu helfen, was dieser jedoch ablehnt.

Unterdessen versucht Damon, Carolines Vater Bill zu ermorden, da er fürchtet, von diesem geoutet zu werden. Caroline hindert ihn jedoch daran. Elena ist daraufhin sehr enttäuscht von Damon. Er bittet sie im Gegenzug, ihren Versuch, ihn in Stefan zu verwandeln, einzuschränken. Elena gibt vor Caroline zu, sich von Damon angezogen zu fühlen, bedenkt aber auch ihre Angst, was dies über sie aussagt. Später trifft sich Bonnie scheinbar mit Elena, nicht ahnend, dass es sich hierbei um Katherine handelt, die ihre Kette zurückverlangt, welche ihre Freundin in Besitz genommen hatte, um sie auf fremde Zauber zu prüfen. Danach besucht sie Damon. Sie bietet ihm an, sich mit ihr zu verbünden und bei einer eventuellen Vernichtung Klaus' zu helfen. Damon willigt ein.

Zur gleichen Zeit bringt Klaus Stefan und Rebekah zurück nach Mystic Falls um so herauszufinden, was Stefan ihm verschweigt. Klaus trifft auf Elena, überraschenderweise nicht sehr verwundert, dass diese noch am Leben ist. Er zwingt Stefan vor Elenas Augen, zwei Menschen zu töten, in dem er ihr Blut trinkt. Außerdem legt er Elenas Schicksal in Bonnies Hände: Sollte diese es nicht schaffen, innerhalb von zwanzig Minuten eine Lösung zu finden, welche erklärt, wie Klaus ohne den Tod des Doppelgängers einen Hybriden erschaffen kann, so wird er Stefan zwingen, Elena zu töten. Bonnie muss jedoch zunächst Matt das Leben retten, welcher versucht, sich zu ertränken um Vicki wiedersehen zu können.
Später stellt sich heraus, dass der Werwolf, welcher in einen Hybriden verwandelt werden soll, nach dem Tod das Blut Elenas trinken muss, um den Prozess so zu vervollständigen.